La modélisation de systèmes cyber-physiques est un des challenges principaux de l'industrie 4.0. Nous nous intéressons dans ces travaux à la modélisation de systèmes cyber-physiques par identification et plus particulièrement à l'identification de systèmes hybrides réactifs déterministes sous la forme d'un automate hybride. Dans la littérature, le problème d'identification de système à un automate hybride peut être divisé en 5 sous problèmes résolus de manière séquentielle. Nous nous intéressons dans ces travaux à proposer une évolution de ce framework afin de lever certaines limites empêchant une optimisation du modèle identifié dans son ensemble.