Le Flexible Job Shop Scheduling Problem (FJSP) est une question difficile pour les industries et les fabricants. Cependant, les tâches de transport dans ce problème ne doivent pas être sous-estimées, car leur impact est considérable et sont souvent négligées dans la littérature. Nous examinons les temps de transport dans le contexte du FJSP et de deux règles d'ordonnancement. Nous avons développé un algorithme génétique avec des règles d'ordonnancement pour résoudre le problème de FJSP avec des contraintes de transport multi-AMR (Autonomous mobile robot) en minimisant le makespan. Notre approche est composé d'un algorithme génétique qui retourne n solutions ayant le même makespan avec un algorithme de selection des AMRs. Enfin, nous avons mené des expériences complètes pour évaluer la performance de l'algorithme proposé avec deux AMR pour transporter les opérations.